La superficie complessiva supera di poco i 3 chilometri quadrati, lo sviluppo costiero è piuttosto esiguo e le tre isole principali distano tra loro poche centinaia di metri.
Hanno caratteristiche assai diverse e curiosamente complementari, anche se, come risulta evidente ad un'osservazione attenta, alcuni tratti geomorfologici sono comuni, costituiti essenzialmente da roccia calcarea friabile sottoposta a ripetuti e costanti processi di erosione.
Le coste sono impervie e frastagliate, traforate da un gran numero di grotte e arricchite da archi naturali.

San Nicola, l'isola fortezza: 42 ettari sospesi al sommo di altissime coste rocciose a picco sul mare, racchiude entro le sue maestose fortificazioni la più imponente abbazia mai costruita in mezzo al mare, simbolo storico di tutto l'arcipelago e tratto distintivo di questa vera e propria roccaforte in mare aperto. Capoluogo amministrativo dell'Arcipelago delle Tremiti, è costituita da un altopiano lungo circa 1600 metri, largo 450 che si innalza a circa 70 metri dal livello del mare. L'isola ha più torri che alberi, fortilizi imponenti, muraglie, rocche, chiese e chiostri di una fortezza-abbazia in cui si alternarono tre ordini religiosi: i Benedettini Cassinesi, nel IX secolo, i Cistercensi dal 1237 al 1313 e i Canonici Lateranesi, dal 1413 sino alla fine del '500.

San Domino e le sue grotte: è l'isola maggiore e la più popolata, si estende per 3 chilometri di lunghezza e 1,7 di larghezza, raggiungendo con il Colle dell'Eremita l'altezza massima di 116 metri. Ammantata dalla macchia mediterranea e da una foresta di lecci e pini d'Aleppo, che nascondono le strutture ricettive turistiche, è l'unica in cui ci sia posto per una vera e propria strada, che collega il porticciolo al villaggio di San Domino, collocato nella parte centrale dell'isola. La strada viene utilizzata da pochissimi mezzi privati, in genere pulmini, che accompagnano i turisti dalla marina agli alberghi, distribuiti intorno all'asse del vecchio villaggio rurale o nascosti ai margini della foresta. La quiete in questi luoghi incantevoli è assoluta e gli aromi della macchia mediterranea intensi. Le coste rocciose dell'isola di San Domino, a tratti alte, a tratti dolcemente degradanti verso il blu del mare, evidenziano archi naturali e grotte marine di diverse profondità. Nate dall'azione erosiva del vento e del mare, costituiscono rari esempi di bellezze ambientali di cui l'isola è ricca. La più suggestiva è la Grotta del Bue Marino, profonda circa 70 metri, sovrastata da due rupi altissime l'Alpicco e la Ripa dei Falconi, su cui volteggiano in stormi i Falchi del Pellegrino, il Falco della Regina e le Berte.

Il fascino intatto di Caprara: Caprara, o Capraia o Capperaia, un tempo bosco, è oggi una pietraia e la vegetazione è decisamente rada, costituita prevalentemente da pochi capperi, cardi, artemisie e varie graminacee. Abitate da una colonia sterminata di gabbiani, mantiene intatto il fascino dei capolavori della natura, simbolizzato dall'Architiello, un monumento scolpito dalla natura nella roccia calcarea che affiora dall'acqua e porta d'ingresso di una sorta di laghetto formato dal mare. Solo la parte nord-ovest presenta una costa alta e frastagliata, mentre il resto dell'isola è un piano inclinato che degrada verso l'Isola di San Nicola, con un susseguirsi di cale e calette. Unici segni della presenza umana sono il faro e i ruderi di una vecchia casa colonica, utilizzata in passato da pastori e oggi abbandonata al suo destino.

Lo Scoglio del Cretaccio: al centro dell'arcipelago, il Cretaccio, a forma di mezzaluna di colore giallastro per la natura argillosa del suo terreno, è un ponte naturale tra San Domino e San Nicola e per diverso tempo fu davvero il "pilone" di un ponte che collegava le marine delle due isole maggiori, costruito sul finire del Settecento dai deportati di San Nicola per ordine del re di Napoli, Ferdinando IV di Borbone. Nelle vicinanze dello scoglio del Cretaccio verso l'Isola di San Nicola, emerge il nero Scoglio della Vecchia, una presenza curiosa e velata di mistero, su cui la tradizione vuole che nelle ore immediatamente precedenti un temporale oppure nelle notti di luna piena, si accomodi il fantasma di una vecchia e canuta signora tutta intenta a filare.

L'inaccessibile Pianosa:  quasi invisibile per il modesto affioramento della sua superficie dal mare, Pianosa, situata a 12 miglia a nord-ovest di San Nicola, è una riserva integrale e vi è proibito rigorosamente ogni tipo di accesso. Completamente priva di vegetazione arborea, custodisce i suoi tesori naturali sugli splendidi fondali sottomarini, una nicchia ecologica dove molte delle specie marine che popolano il bacino centro-meridionale del Mediterraneo trovano le condizioni migliori per riprodursi.